De uitvoering van de prenataletijdens de zwangerschap screeningonderzoek valt onder de WBO-vergunning van het Ministerie van VWSMinisterie van Volksgezondheid, Welzijn en Sport. De acht Regionale Centra voor Prenatale Screening zijn aangewezen als vergunninghouders en hebben een rol als regionale coördinator. De Regionale Centra zijn verantwoordelijk voor de regionale kwaliteitsborging, de regionale uitvoering en de coördinatie van de regionale deskundigheidsbevordering (inclusief opleiding en nascholing). Jaarlijks leveren ze gegevens aan voor de landelijke monitoring en evaluatie.

Regionale Centra sluiten contracten en (kwaliteits)overeenkomsten met de uitvoerende partijen in hun regio (inclusief de screeningslaboratoria).
De Regionale Centra zijn vertegenwoordigd in het Platform Regionale Centra. Dit Platform heeft de rol van afstemmingsorgaan tussen de Regionale Centra en borgt zodoende de landelijke kwaliteit en uniformiteit. Het Platform is ervoor verantwoordelijk verzoeken voor gebruik van landelijke data uit Peridos te toetsen aan de Algemene Verordening Gegevensbescherming. Vervolgens brengt het Platform hierover een advies uit aan de Programmacommissie.

Voor hun werkzaamheden ontvangen de Regionale Centra subsidie van het Ministerie van VWS. De verleende subsidie voor elk regionaal centrum en het landelijk beheerorgaan wordt bepaald aan de hand van de ‘rekentool.