Versie 2.0 (d.d. 07-03-2012) van het modelprotocol SEO structureel echoscopisch onderzoek van de NVOG Nederlandse Vereniging voor Obstetrie en Gynaecologie vormt de inhoudelijke basis voor het tweede trimester SEO. De nieuwe SEO leidraad versie 3.0, d.d. 23-07-2019 mag ook worden gevolgd, echter deze is nog niet formeel overgenomen in de prenatale tijdens de zwangerschap screening onderzoek . Hierover vindt nog overleg plaats met de NVOG.